病原所的定位与主要任务是：加强病原生物的基础研究，使我国传染病研究水平与国际接轨；加强病原生物的应用基础研究，为传染病预防控制提供科技支撑；加强病原生物的应用性研究，为相关产业的发展提供创新性基础；在科研院所的运行机制、管理机制、用人机制和分配机制等方面为国家科技体制改革提供样板；成为病原生物学研究领域高级人才培养的基地。
根据功能定位和主要任务，四年来，病原所先后从美国杜克大学、美国匹兹堡大学、美国纽约血液中心、瑞典卡罗林斯卡医学院、德国慕尼黑大学、美国爱因斯坦医学院、德国柏林感染生物学马普所、加拿大麦吉尔大学、北京大学等国内外知名研究机构和高校引进了从事乙型肝炎、丙型肝炎、艾滋病、结核病、寄生虫病和免疫学等方面十余位学科或学术带头人，形成一支拥有丰富实践经验、学术造诣深厚的导师队伍，包括院士1名、教育部"长江学者"特聘教授1名、杰出青年基金获得者2名，教育部新世纪优秀人才3名，新世纪百千万人才1名。
病原所目前承担了大量国家重大科研任务。其中，作为首席科学家分别牵头2个 "973"计划中与人类传染病防治相关的项目，以及多个国家"863"计划、"艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治研究"国家科技重大专项、公益性卫生行业科研专项、国家自然科学基金和国家科技基础条件平台建设等一批重大重点项目。在Science，Nature, Proc Natl Acad Sci U S A, Nucleic Acids Res, J Biol Chem, Emerg Infect Dis, Proteomics，J Virol等杂志发表了一批高水平的科研论文。通过加大人才队伍建设，病原所逐步完善了学科体系，现有微生物学、病原生物学、免疫学和生物医学工程四个专业可招收博士和硕士研究生，并设立了博士后流动站。研究方向涵盖病毒、细菌、真菌和寄生虫等病原体和相应传染病基础与应用基础研究，以及传染病诊断、预防和治疗技术与产品的研发等。另外，病原所实施全方位开放式的发展战略，充分利用国内外各种优势资源，促进自身发展。
先后与法国梅里埃基金会建立了新发病原体联合实验室、与美国国立卫生研究院（NIH）合作开展了CIPRA附加禽流感项目、与美国克林顿基金会共同推行中美政府间的艾滋病防控行动计划以及与美国国际艾滋病疫苗行动组织合作开展项目研究。与此同时，在国内先后与四家科研院所、五家医疗机构、四家疾控机构，以及著名制药企业建立了合作，形成了基础和临床资源整合的优势集群和合作现场，实现资源共享。通过搭建实体化联合实验室或研究中心，使病原所能够时刻把握科技发展前沿，获得了事业发展所需的各种资源、现场和技术支持，快速全面提升学术竞争力和影响力。
在上级部门和院校的大力支持下，已建立包括基因组学和功能基因组学、蛋白质组学、传染病应急支撑、免疫学、生物信息学、细胞生物学、病原体形态学、RNA组学、病原体分子标识筛选验证及前沿生命组学平台等共14个一流的生命科学前沿的技术平台，拥有超高通量基因分析系统、基质辅助激光解析电离飞行时间串联质谱系统、质谱微阵列系统及电镜等多台价值200万以上的大型仪器设备，为技术体系和人才队伍的建设提供了重要基础，为提升综合科研能力以及突发、新发传染病应急支撑能力提供了有力保障。
病原所作为中国医学科学院/北京协和医学院的一个重要组成部分，研究生教育秉承协和的医学精英教育和高层次培养的办学宗旨，通过打造一流的学科、一流的技术平台、一流的科研队伍，力争创建国家在病原生物学领域高层次人才培养的基地。建所以来，病原所的研究生培养工作坚持以科学发展观为指导，以社会需要为出发点，以管理为保障，以质量为根本；坚持研究生教育与研究所的发展和学科建设相结合，研究生培养与科技创新相结合，学术型人才培养与应用型人才培养相结合，研究生教育与社会、经济、科技发展相结合。
落实以科学研究为导向的导师负责制，加强导师对研究生科研训练和科研创新的指导，实现研究生培养与导师科研活动的有机结合，积极营造完善的成才机制和浓厚的学术氛围，推动创新型人才的培养，促进研究生教育质量、规模、效益协调发展，全面提高研究生科研创新能力和综合素质。自2005年以来，研究生、博士后培养规模不断扩大。
目前在读研究生共40人，其中博士研究生21人，硕士研究生19人；已毕业研究生28人。在不断提高研究生培养的质量同时，不仅为研究生提供一流的科研条件，还努力为研究生提供良好的住宿条件和生活待遇，除国家奖学金之外，还设立了效益津贴、过节补助、伙食补贴、交通补贴以及保健费补贴等各项津贴，使研究生收入总体达到较高水平，保障研究生在读期间能够安心从事科学研究工作，免除生活后顾之忧。
关心研究生的成长，建立了研究生例会制度，所领导与全体研究生定期座谈交流，了解他们科研、学习和生活中的困难，倾听他们的意见和建议，解决他们提出的问题，让他们感受家的温暖。
在上级部门和院校的关心和支持下，在导师和全体教育工作者的共同努力下，病原所研究生教育力争在培养质量和规模方面再上一个台阶，使研究生教育整体水平达到全国同类科研院所的领先地位，成为病原生物学领域国内一流、国际知名的科研院所和研究生教育基地。